通过光线移动，而标本不动进行扫描的共聚焦显微镜对生物学标本更具有实用价值，大多数科研显微镜采用的就是这种方式。显微镜的种类有很多，常见的有：光学显微镜、电子显微镜、探针显微镜等。光学显微镜又有多种分类方法：按使用目镜的数目可分为双目和单目显微镜；按图像是否有立体感可分为立体显微镜和非立体视觉显微镜；按观察对像可分为生物和金相显微镜等；按光学原理可分为偏光，相衬和微差干涉对比显微镜等；按光源类型可分为普通光、荧光、红外光和激光显微镜等；按接收器类型可分为目视、摄影和视频显微镜等。电子显微镜又可分为扫描电子显微镜、透射电子显微镜等。探针显微镜，产品又包括扫描隧道显微镜、原子力显微镜、横向力显微镜等。