使用生物显微镜的注意事项有以下几点：

• 要养成两眼同时睁开观察的习惯，以左眼观察视野，右眼用以绘图；
  
• 水滴、酒精或其它药品切勿接触镜头和镜台，如果沾污应立即用擦镜纸擦净；
  
• 轻拿轻放，不可把显微镜放置在实验台的边缘，应放在距边缘10cm处，以免碰翻落地；
  
• 放置玻片标本时要对准通光孔中央，且不能反放玻片，防止压坏玻片或碰坏物镜；
  
• 保持显微镜的清洁，光学和照明部分只能用擦镜纸擦拭，切忌口吹手抹或用布擦，机械部分用布擦拭；
  
• 持镜时必须是右手握臂、左手托座的姿势，不可单手提取，以免零件脱落或碰撞到其它地方；
  
• 不要随意取下目镜，以防止尘土落入物镜，也不要任意拆卸各种零件，以防损坏。

使用完毕后，必须复原才能放回镜箱内，其步骤是：

1. 取下标本片，转动旋转器使镜头离开通光孔；
2. 下降镜台，平放反光镜；
3. 下降集光器（但不要接触反光镜）；
4. 关闭光圈，推片器回位；
5. 盖上绸布和外罩，放回实验台柜内；
6. 最后填写使用登记表。

  注：反光镜通常应垂直放，但有时因集光器没提至应有高度，镜台下降时会碰坏光圈，所以这里改为平放。